瓊脂糖凝膠電泳是用瓊脂糖作支持介質(zhì)的一種電泳方法.其分析原理與其他支持物電泳的主要區(qū)別是：它兼有“分子篩”和“電泳”的雙重作用。
瓊脂糖凝膠具有網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)，物質(zhì)分子通過時會受到阻力，大分子物質(zhì)在涌動時受到的阻力大，因此在凝膠電泳中，帶電顆粒的分離不僅取決于凈電荷的性質(zhì)和數(shù)量，而且還取決于分子大小，這就大大提高了分辨能力。但由于其孔徑相當大，對大多數(shù)蛋白質(zhì)來說其分子篩效應微不足道，現(xiàn)廣泛應用于核酸的研究中。
瓊脂糖凝膠電泳條件
電泳緩沖液的pH在6~9之間，離子強度0.02~0.05為適。瓊脂糖凝膠約可區(qū)分相差100bp的DNA片段，其分辨率雖比聚丙烯酰胺凝膠低，但它制備容易，分離范圍廣。普通瓊脂糖凝膠分離DNA的范圍為0.2-20kb，利用脈沖電泳，可分離高達10^7bp的DNA片段。
瓊脂糖凝膠電泳為什么會形成條帶
瓊脂糖凝膠電泳是基因工程實驗室中分離鑒定核酸的常規(guī)方法.核酸是兩性電解質(zhì),其等電點為pH2-2.5,在常規(guī)的電泳緩沖液中（pH約8.5）,核酸分子帶負電荷,在電場中向正極移動.核酸分子在瓊脂糖凝膠中泳動時,具有電荷效應和分子篩效應,但主要為分子篩效應.因此,核酸分子的遷移率由下列幾種因素決定：
（1）DNA的分子大小.線狀雙鏈DNA分子在一定濃度瓊脂糖凝膠電泳中的遷移速率與DNA分子量對數(shù)成反比,分子越大則所受阻力越大,也越難于在凝膠孔隙中移動,因而遷移得越慢.
（2）DNA分子的構(gòu)象.當DNA分子處于不同構(gòu)象時,它在電場中移動距離不僅和分子量有關(guān),還和它本身構(gòu)象有關(guān).相同分子量的線狀、開環(huán)和超螺旋質(zhì)粒DNA在瓊脂糖凝膠中移動的速度是不一樣的,超螺旋DNA移動得快,而開環(huán)狀DNA移動慢.如在瓊脂糖凝膠電泳鑒定質(zhì)粒純度時發(fā)現(xiàn)凝膠上有數(shù)條DNA帶難以確定是質(zhì)粒DNA不同構(gòu)象引起還是因為含有其他DNA引起時,可從瓊脂糖凝膠上將DNA帶逐個回收,用同一種限制性內(nèi)切酶分別水解,然后電泳,如在凝膠上出現(xiàn)相同的DNA圖譜,則為同一種DNA.
（3）電源電壓.在低電壓時,線狀DNA片段的遷移速率與所加電壓成正比.但是隨著電場強度的增加,不同分子量的DNA片段的遷移率將以不同的幅度增長,片段越大,因場強升高引起的遷移率升高幅度也越大,因此電壓增加,瓊脂糖凝膠的有效分離范圍將縮小.要使大于2kb的DNA片段的分辨率達到大,所加電壓不得超過5v/cm.
（4）離子強度影響.電泳緩沖液的組成及其離子強度影響DNA的電泳遷移率.在沒有離子存在時（如誤用蒸餾水配制凝膠）,電導率小,DNA幾乎不移動；在高離子強度的緩沖液中（如誤加10×電泳緩沖液）,則電導很高并明顯產(chǎn)熱,嚴重時會引起凝膠熔化或DNA變性.
瓊脂糖凝膠具有網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)，物質(zhì)分子通過時會受到阻力，大分子物質(zhì)在涌動時受到的阻力大，因此在瓊脂糖凝膠電泳中帶電顆粒的分離不僅取決于凈電荷的性質(zhì)和數(shù)量，而且還取決于分子大小，這就大大提高了分辨能力。