蛋白Marker試劑是一些純化好的蛋白混合物，通過與染料共價耦聯(lián)，在電泳過程中或者轉(zhuǎn)膜時可以直接觀察到。預(yù)染蛋白分子量的出現(xiàn)方便了實驗，可以幫助我們在電泳時、電泳后以及轉(zhuǎn)膜后監(jiān)測電泳情況和估計遷移率。
未染色的蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)是簡單的，也是準(zhǔn)確的一種。由于沒有附帶染料分子或者是標(biāo)記分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，是準(zhǔn)確判斷蛋白大小必須的。未預(yù)染的蛋白Marker可分為寬分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)、高分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)以及低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)。
1、寬分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)，如果從實驗的整體考慮的，就選擇范圍盡量寬條帶分布比較均勻的，這樣容易判斷你的蛋白在哪個區(qū)間。不過蛋白Marker試劑的條帶越多，每次上樣量也就越費。如果買的是大包裝，建議分裝成小體積使用，多次反復(fù)凍融不利于蛋白Marker的保存和繼續(xù)使用。
2、高分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)，通常在檢測大分子量蛋白經(jīng)常使用到高分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)。
3、低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)，在一般的蛋白電泳當(dāng)中，更常用的是低蛋白標(biāo)準(zhǔn)分子量，除了有指示蛋白大小的作用以外，有時還可以用作粗略的定量。特別小的蛋白Marker試劑條帶如果要顯色好，一定要保證足夠的上樣量。
由于預(yù)染蛋白Marker是與染料共價耦聯(lián)，所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發(fā)生某些變化，可能導(dǎo)致一些偏差，所以不太適合定位蛋白。
不過多數(shù)情況下蛋白Marker試劑的條帶未必能和我們的目標(biāo)蛋白*一樣，我們得到的也不過是一種相對蛋白Marker指示的參考大小，都是需要Western來定性，所以如果不是要區(qū)分大小相近的條帶，預(yù)染Marker還是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白標(biāo)準(zhǔn)一起使用。
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